据时任香港历史博物馆总馆长的丁新豹回忆，筹备开馆时，特区政府“手中只有三件文物”，分别是孙中山写给侄儿孙昌的信件、亲手题赠予香港海员的“博爱”条幅，以及孙中山为关景良担任证婚人的结婚证书。

然而，当纪念馆２００６年１２月１２日开门迎客时，展示在公众面前的却有１５０余件文物。丁新豹说，“除了少量由本港机构借出的，约七成是从内地、台湾等地借来。”据他回忆，开馆前两年跑了很多地方“寻宝”，除了为“填满”纪念馆，更希望给港人找出两个答案：“为何香港可孕育出孙中山？他为何选择香港作为起义基地？”

循着这个思路，纪念馆安排了两个常设展览，分别为“孙中山与近代中国”和“孙中山时期的香港”。展览全面介绍了孙中山的生平事迹与革命业绩，展厅内不仅展示了孙中山的书信、墨宝、照片、衣物及日用品，还通过与辛亥革命相关的历史文物，展现了香港在孙中山革命事业中举足轻重的作用。

虽然纪念馆内多数展品系借展，展出时间半年至数年不等，但也使得这座４层楼高、总面积２５６０平方米的纪念馆能展示更多文物，且“常换常新”。

时值辛亥革命百年纪念，纪念馆暂停开放常设展“孙中山与近代中国”，并将于９月３０日在此展厅推出新的展览“理想的追寻——辛亥革命后的孙中山与广州”。

记者从特区政府康乐与文化事务署获悉，该展览将展出约１００件孙中山大元帅府纪念馆及香港历史博物馆的馆藏文物，介绍孙中山先生在广州三次建立政权的历史，以及他及其追随者为广州在城市建设、经济发展、教育制度和民生等方面带来的转变。

纪念馆专为儿童开辟了教育和活动区，独具匠心。

位于一楼的２号视像室，循环播放着介绍孙中山的卡通影片，通过两个可爱卡通人物的对话引导孩子追寻孙中山的革命历程；二楼的互动学习室摆放了十余台电脑，小朋友可通过１２个游戏学习孙中山及辛亥革命的知识。

纪念馆工作人员黎芷茵告诉记者，每逢节假日都会有很多学生来参观，若是２０人以上的团体票则需要提前几个月才能预订上，“小朋友很喜欢这里，边做游戏边学知识”。